Sulla genesi del Flauto magico sono fiorite molte leggende: più che la scarsità, è l’elusività dei documenti a renderle, se non legittime, almeno in parte giustificate. Che si parta da una ricostruzione delle circostanza esterne alla sua nascita, o che invece si affrontino direttamente il testo e la musica interrogandosi sulla loro sostanza e il loro significato, Il flauto magico è un’opera pervasa di mistero, avvolta in un’aura favolosa: e accettare questa condizione è l’unica via per entrare dentro il suo mondo. Tutti gli accadimenti scenici e musicali che si svolgono nel Flauto magico seguono una dinamica eminentemente teatrale, sganciata però da una logica drammatica coesa, stringente e unitaria per principio. Se nelle opere italiane Mozart aveva potuto abbattere le barriere dei generi fino al loro intreccio e alla fusione, facendo dei pezzi d’insieme il culmine dell’azione e della sintesi drammatica il mezzo per raggiungere la massima tensione musicale, nel Flauto magico non esistevano un terreno già coltivato su cui innestarsi né una tradizione su cui intervenire. Semmai, c’era un nuovo genere da fondare: quello della «Teutsche Oper», ossia opera tedesca, titolo col quale Mozart registrò appunto il Flauto.
L’occasione della composizione de Il flauto magico nacque da una curiosa coincidenza: lavorava a Vienna una singolare figura di impresario teatrale, Emanuel Schikaneder. Gestiva un teatro di tipo popolare, in cui si davano spettacoli adatti a colpire la fantasia del popolo, a divertire con l’uso di complicate e sbalorditive macchine teatrali, a impressionare col magico e col meraviglioso. Schikaneder era anche attore e capocomico. Prendendo spunto da leggende, storie e poesie, aveva imbastito una vicenda fiabesca nella quale si combinavano vari ingredienti di sicuro successo. Schikaneder si rivolse a Mozart perché scrivesse la musica di quest’opera. Il compositore, attratto dal fascino della vicenda e al tempo stesso spinto dal bisogno di guadagnare, accettò e si mise al lavoro. Ne riuscì una musica prodigiosa. La prima rappresentazione avvenne al Theater auf der Wieden di Vienna il 30 settembre 1791 con lo stesso Schikaneder (Papageno) e Josepha Hofer (Regina della notte) diretti dal compositore.